本系在昆蟲分類學、生理學、病理學、毒理學、生態學、生物防治、醫學昆蟲、生物技術與昆蟲應用等各方面均有優質的研究成果。未來將以既有成果為基礎,持續提升以昆蟲為材料之生命科學、昆蟲學、害蟲防治、昆蟲資源之研究與教學水準;應用最新生命科學知識與技術研究昆蟲演化、生理、病理與毒理學等;發展友善環境之蟲害管理技術系統;以生態學為基礎探討昆蟲族群變動,並應用於害蟲發生監測和蟲害管理等工作,以尋求更經濟、有效與安全的害蟲防治方法。實務上,除了協助農試單位輔導農民防治農業害蟲之外,並協助政府衛生、疾管、農牧單位防治各種人畜病媒蚊蠅等衛生與醫學昆蟲,以期在病媒昆蟲與農林業害蟲防治、昆蟲資源開發與利用、農產品安全及生態環境與物種保育等各方面扮演重要角色。